प्रोटोन ने प्रोटोनमेल ऐप का एक डेस्कटॉप संस्करण जारी किया है, जो उपयोगकर्ताओं को प्रोटोनमेल और प्रोटोनकैलेंडर तक पूर्ण पहुंच प्रदान करता है, और (अंततः) ईमेल को ऑफ़लाइन देखने की क्षमता देता है। डेस्कटॉप ऐप, जो वर्तमान में बीटा में है, विंडोज और मैकओएस के लिए अनुकूलित किया गया है और ब्राउज़र संस्करण की तरह भेजे गए ईमेल को एंड-टू-एंड एन्क्रिप्ट करेगा, जबकि स्विस कंपनी के अनुसार ईमेल तक ऑफ़लाइन पहुंच "जल्द ही" उपलब्ध होगी।
डेस्कटॉप ईमेल एप्लिकेशन के माध्यम से प्रोटॉन ईमेल को ऑफ़लाइन एक्सेस करना तकनीकी रूप से संभव है, लेकिन आपके खाते को अन्य आईएमएपी/एसएमटीपी ईमेल क्लाइंट जैसे माइक्रोसॉफ्ट आउटलुक, ऐप्पल मेल इत्यादि के साथ काम करने के लिए प्रोटॉन मेल ब्रिज का उपयोग करके कॉन्फ़िगर किया जाना चाहिए। दूसरी ओर, प्रोटॉन का डेस्कटॉप ऐप आपको मेल ब्रिज सेट किए बिना अपने ईमेल को ऑफ़लाइन एक्सेस करने देता है, जो अधिक सुविधाजनक होना चाहिए। (प्रोटॉन का कहना है कि प्रोग्राम ऑफ़लाइन उपयोग के लिए बड़ी मात्रा में ईमेल कैश करेगा)।
यह ध्यान रखना महत्वपूर्ण है कि प्रोटॉन पर ईमेल भेजने और एन्क्रिप्ट करने के लिए अभी भी इंटरनेट एक्सेस की आवश्यकता होती है। लेकिन ऑफ़लाइन कार्यक्षमता आपको यात्रा करते समय, बिजली गुल होने पर, या अन्य स्थितियों में जहां आपके पास इंटरनेट तक पहुंच नहीं है, ईमेल की जांच करने और ड्राफ्ट करने की सुविधा देती है।
प्रोटॉन डेस्कटॉप और ब्राउज़र संस्करणों सहित भुगतान करने वाले उपयोगकर्ताओं के लिए एन्क्रिप्टेड स्वचालित अग्रेषण सेवाएं भी प्रदान करता है, लेकिन अग्रेषित एन्क्रिप्शन केवल अन्य प्रोटॉन उपयोगकर्ताओं को अग्रेषित ईमेल पर लागू होता है। कंपनी ने कहा कि उसने ProtonCalendar में भी सुधार किया है, जिसमें पूरी तरह से खोजने योग्य वेब संस्करण भी शामिल है।
हर किसी के पास प्रोटॉन के डेस्कटॉप ऐप तक तत्काल पहुंच नहीं होगी। प्रोटॉन सबसे पहले पारंपरिक उपयोगकर्ताओं के लिए अपने भुगतान किए गए "विज़नरीज़" पैकेज तक पहुंच को प्रतिबंधित कर रहा है (हालांकि कंपनी 3 जनवरी, 2024 तक इस पैकेज की सदस्यता फिर से खोल देगी)। डेस्कटॉप एप्लिकेशन को 2024 की शुरुआत में सभी उपयोगकर्ताओं के लिए उपलब्ध कराने की योजना है।