2 तारीख को स्थानीय समयानुसार 17:47 बजे (बीजिंग समय 16:47 बजे), जापान एयरलाइंस का एक यात्री विमान उस दोपहर टोक्यो हनेडा हवाई अड्डे पर उतरने के बाद तटरक्षक विमान से टकरा गया, जिससे गंभीर आग लग गई।रिपोर्ट्स के मुताबिक, जापान एयरलाइंस की फ्लाइट में सवार सभी 379 लोग भाग निकले हैं। जापान तटरक्षक विमान में सवार पांच लोगों की मौत हो गई और कप्तान गंभीर रूप से घायल हो गया।
बताया गया है कि तटरक्षक विमान को मूल रूप से राहत सामग्री पहुंचाने के लिए इशिकावा भूकंप प्रभावित क्षेत्र में उड़ान भरने के लिए निर्धारित किया गया था, लेकिन यह प्रेषण स्टेशन के निर्देशों का पालन करने में विफल रहा, जिसके कारण दोनों विमानों को "पीछे की ओर" खड़ा होना पड़ा।
जापान के भूमि, बुनियादी ढांचे, परिवहन और पर्यटन मंत्रालय और जापान के तटरक्षक बल ने एक प्रेस कॉन्फ्रेंस की।यह घोषणा की गई कि अधिकारियों ने उस दिन टोक्यो हानेडा हवाई अड्डे पर हुई विमान टक्कर की पहचान एक विमानन दुर्घटना के रूप में की है और जापान परिवहन सुरक्षा बोर्ड को सूचित कर दिया है।
जापान एयरलाइंस द्वारा आयोजित एक संवाददाता सम्मेलन में कंपनी के प्रभारी व्यक्ति ने कहा,उस दिन टोक्यो के हनेडा हवाई अड्डे पर जापान तट रक्षक विमान से टकराने वाले JAL यात्री विमान को घटना से पहले हवाई अड्डे से लैंडिंग की अनुमति मिल गई थी।
चालक दल ने कहा कि विमान रनवे के पास पहुंचा और हमेशा की तरह उसी तरीके से लैंडिंग ऑपरेशन शुरू कर दिया।
जापान एयरलाइंस द्वारा जारी समाचार के अनुसार, उस दिन टोक्यो हनेडा हवाई अड्डे पर विमान की टक्कर से प्रभावित,कंपनी ने 2 तारीख को जापान में कुल 116 घरेलू उड़ानें रद्द कर दीं, जिससे लगभग 19,920 यात्री प्रभावित हुए।